Une fois sorti du pis de la vache, le lait n'est pas stérile. Il contient des bactéries provenant de la mamelle, de la surface des trayons, des parois de la machine à traire, etc. On appelle toutes ces bactéries les germes du lait. Certains de ces germes peuvent avoir un intérêt en transformation fromagère car ils vont influencer positivement la qualité du produit, mais d'autres sont potentiellement pathogènes s'ils sont en trop grand nombre dans le lait. Par conséquent, la quantité de germes dans le lait est règlementée et contrôlée pour assurer la sécurité sanitaire des produits laitiers (100 000 /ml).